专项资金审计是促进加强专项资金管理，提高专项资金使用效益，落实和完善国家政策的重要手段之一。在审计过程中应注意从以下四个方面入手：

一是从资金源头入手，注意上级分配的指标与账款的核对，审查专项资金是否单独核算，防止资金挪作他用。

二是从资金的拨付时间入手，着重审查上级财政、主管部门拨出时间与项目单位实际收到资金时间的差异，并分析其原因。

三是从往来账户入手，重点审查项目单位 “预付工程款”和“在建工程款”等支出的真实性，防止套取现金或转移资金。

四是从项目管理入手，分析其实际效益。通过对专项资金从拨付到使用全过程的监督，确保专项资金发挥应有的经济效益和社会效益。